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综述了基因芯片在卷烟危害性评价中的应用，基因芯片可以从全基因组转录水平分析卷烟烟气对基因表达的影响，并可通过差异表达基因寻求生物标志物。卷烟烟气导致差异表达基因主要属于：氧化应激反应类、异源物代谢类、炎症／免疫反应类、基质降解类。并且，基因芯片可从差异表达基因角度区分不同商品卷烟。评价卷烟危害性，基因芯片存在优势及不足，基因芯片结合其它生物学技术将在卷烟危害性评价发挥重要作用。