中药新药研究涉及学科理论体系、研究对象、服务对象等多个主、客体系,是一个多因素的复杂的系统工程。对传统中医药学的朴素系统论、西医药学的近代还原论以及现代中医药学的现代系统论特征、优势和不足进行了归纳和辨析。从新药研究的系统思维的角度,将中药药物形成过程划分为药物原料形成、药物制备和药物体内过程3个基本环节,详细分析了各环节中诸影响因素。基于以上认识,提出了中药新药研究应遵循的思维模式和研究方法,并根据自己的科研实践,探讨了目前新药研究的热点及在研制过程中应注意的问题。最后提出:中药新药研究是一个系统工程,在思维模式上要从整体的视角、普遍联系和多变性的观点出发,以证实的实验手段和系统学的分析方法,从生命运动的不同层面,探索疾病的药物干预规律。秉承继承与创新相结合的原则,不断实现对传统中药的“扬弃”,从中“蜕变”出全新意义的现代中药。