【摘 要】
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目的 运用生物信息学方法分析鸟分枝杆菌PPE25-MAV蛋白的结构与功能. 方法 从NCBI数据库获取MAV_2928基因编码蛋白氨基酸序列;使用protParam和PortScale工具分析该基因编码PP
【机 构】
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大理大学基础医学院微生物与免疫学教研室,云南大理671000
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目的 运用生物信息学方法分析鸟分枝杆菌PPE25-MAV蛋白的结构与功能. 方法 从NCBI数据库获取MAV_2928基因编码蛋白氨基酸序列;使用protParam和PortScale工具分析该基因编码PPE25-MAV蛋白的理化性质以及亲疏水性;分别运用SignaIP 4.1 Server、TMHMM Server v.2.0和PSORT Prediction工具预测PPE25-MAV蛋白的信号肽、跨膜区、亚细胞定位;采用NetPhos 3.1 Servera预测磷酸化位点,采用NCBI-Conserved domains分析蛋白的保守域结构;采用SPOMA软件在线分析PPE25_MAV蛋白二级结构,使用SWISS-MODEL建立三级结构模型.运用ABCpred软件和IEDB预测蛋白的B细胞抗原表位. 结果 MAV_2928基因全长为1 266 bp,编码蛋白PPE25-MAV含有421个氨基酸,为不稳定疏水蛋白,脂肪系数为72.66,无信号肽及跨膜区,定位于细胞质中.该蛋白含有52个磷酸位点,有1个保守域结构属于PPE超家族蛋白;二级结构以无规则卷曲为主,结构较松散.预测该蛋白含有7个B细胞优势抗原表位和24个Th细胞表位. 结论 PPE25-MAV蛋白含有多个磷酸化位点,参与细胞信号的转导,含有7个优势B细胞抗原表位,为该蛋白作为候选疫苗抗原提供了理论基础.
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