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在合理药物设计方法中，当靶标酶的三维结构未知时，对其底物进行构象分析，特别是确定其活性构象，对阐明靶标酶活性中心的空间形状和作用位点具有十分重要的意义。我们曾利用距离比较法确定了原卟啉原氧化酶的底物－原卟啉原IX的活性构象，本文从构象分析的角度对4种不同构象的原卟啉原IX分子与二苯醚类分子的晶体学构象进行了几何参数的比较和分析，结果进一步证实了距离比较法所确定的活性构象更为可靠。