新一代测序技术具有快速、高通量和低成本的特点,为"组学"研究带来了新方法、新方案,正在深刻地改变着当前生物学的研究模式。近年来,新一代测序技术极大促进了昆虫特别是无参考基因组信息昆虫的转录组学研究。自2008年至今,采用新一代测序技术已对7个目的 68种昆虫进行了转录组测序,其中由我国学者完成了6个目的 22种昆虫的转录组测序。目前,昆虫转录组学研究主要集中在基因挖掘、分子标记开发、基因表达分析等方面,为全面揭示昆虫生命活动中相关基因功能、系统发生与进化以及昆虫与其他生物相互作用等奠定了基础。本文总结了当前昆虫转录组学研究的已有成果,分析了其今后的发展趋势,讨论了采用新一代测序技术开展昆虫转录组学研究中存在的诸如研究对象相对局限、测序准确性不够高等不足,并指出开展昆虫转录组学研究时需充分思考所要回答的科学问题,选择合适的研究策略,评估性价比,以及开发转录组信息高效利用的方法等。作者建议未来的研究方向侧重于:(1)大规模开展基于新一代测序技术的昆虫转录组学研究,特别是对其他目以及独特生态环境中的代表性昆虫应予以重点关注;(2)开发昆虫转录组数据存储及分析的软硬件;(3)合理利用新一代测序技术研究昆虫转录组并充分挖掘已测昆虫转录组中的遗传信息。