国有企业产权关系不顺是政府职能转变滞后的根源。“两权”的彻底分离在理论上并不成立,“两权分离”的相对性决定了企业经营权的不完整性。过去国家所有制的弊端不在于它的“两权统一”,而在于“两权”统一于国家,游离于企业之外。对所有制进行根本改革,把“两权”统一于企业之内,股份制是最佳选择。地方利益的刚性化和政府部门独立的利益取向,牵制了政府职能转变。应建立利益约束机制,堵塞政府部门非正当谋利渠道。企业干部选拔机制不顺,使不少企业经营者甘当“小媳妇”,政府难以从微观管理中解脱出来。应建立科学的企业干部选拔机制,让优秀人才管理经营企业。政府职能转变与机构改革不同步,互相牵制、互为障碍。职能转变与机构改革应同步进行,双管齐下。传统观念和习惯势力的影响,是政府职能转变滞后的认识根源。转变职能必须首先转变观念。经济法规不健全,人治为主,是政府行为不规范的原因。政府对经济的管理应法制化。