【摘 要】
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讨论在NVIDIACUDA开发环境下,用GPU加速分子动力学模拟中静电作用的长程受力计算部分.采用Particle-Mesh Ewald（PME）方法,将其分解为参数确定、点电荷网格离散、离散网格的傅立
【机 构】
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中国科学院过程工程研究所多相反应实验室,中国科学院研究生院
【基金项目】
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国家自然科学基金（20221603）, 国家科技支撑计划（2008BAF33B01）, 中国科学院知识创新工程（KGCX2-YW-124）资助项目
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讨论在NVIDIACUDA开发环境下,用GPU加速分子动力学模拟中静电作用的长程受力计算部分.采用Particle-Mesh Ewald（PME）方法,将其分解为参数确定、点电荷网格离散、离散网格的傅立叶变换、静电热能求解与静电力求解5个部分,并分别分析各部分的GPU实现.此方法已成功用于7个不同大小的生物分子体系的模拟计算,达到了7倍左右的加速.该程序可耦合到现有分子动力学模拟软件中,或作为进一步开发的GPU分子动力学程序的一部分,显著加速传统分子动力学程序.
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