以系统论视角构建了农业生态效率测算的网络结构,利用网络DEA模型对我国2005—2013年30个省市农业生态系统整体效率及各子系统效率值进行测度,并对其变化趋势进行收敛检验,进而揭示农业生态效率的关键影响因素,探索农业生态效率提升的实施路径。实证结果显示:我国农业生态整体效率处于较低水平,农业生态效率提升潜力巨大;四大区域差异较大,社会和生态系统的低效成为制约东北地区生态效率提高的因素,经济系统的低效是中西部地区效率增长的瓶颈因素。收敛检验结果显示,经济系统的区域差异呈扩大趋势,社会和生态系统差异性较稳定。农业生态效率与机械密度、人均农业GDP呈正相关关系,与农业市场化程度、受灾率、财政支农力度、工业化发展水平呈负相关关系。虚拟变量的引入,验证了农业是受自然和地理因素影响较大的产业,区位选择对农业生态效率产生重要影响。