【摘 要】
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目的 探究肩袖腱病中差异表达的环状RNA (circular RNA,circRNA)及其调控靶基因的预测和生物信息学分析.方法 取2018年6月-2019年6月因冈上肌腱损伤行手术治疗的10例患者自愿
【机 构】
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中国人民解放军陆军军医大学第一附属医院骨科运动医学中心 重庆400038
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目的 探究肩袖腱病中差异表达的环状RNA (circular RNA,circRNA)及其调控靶基因的预测和生物信息学分析.方法 取2018年6月-2019年6月因冈上肌腱损伤行手术治疗的10例患者自愿捐赠肩袖组织,经MRI、关节镜检查以及组织学染色,确定为正常肩袖或肩袖腱病组织,再依据患者年龄、体质量以及Bonar评分进行配对分组.通过高通量测序对肩袖组织进行circRNA检测,筛选差异表达的circRNA,对circRNA靶基因进行预测,并进行富集分析和内源竞争RNA (competing endogenous RNA,ceRNA)网络构建.结果 在P＜0.05、log2差异表达倍数(fold change,FC)绝对值＞2条件下,共筛选出94条在正常肩袖及肩袖腱病组织中差异表达的circRNA,其中肩袖腱病组织中有31条表达上调、63条表达下调.基因本体(gene ontology,GO)分析发现差异基因最显著富集于环磷酸腺苷应答;京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析发现,差异基因主要富集在细胞外基质-受体交互、蛋白消化及吸收、细胞循环、NF-κB信号通路等.ceRNA网络揭示了差异表达的circRNA和miRNA、mRNA之间可能的相互作用,其中自由能最高的ceRNA调控轴为circRNA.8951-has-miR-6089-DNMT3B.结论 肩袖腱病中存在差异表达的circRNA,可能与肩袖腱病发生发展密切相关,有望为临床诊断、治疗提供潜在靶点.
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