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目的
分析从2012年和2014年深圳市2起疱疹性咽峡炎疫情中获得的6株柯萨奇病毒A组4型(CVA4)的VP1区遗传进化特征。
方法采用荧光定量反转录(RT)–PCR法对疱疹性咽峡炎患儿咽拭子标本进行总肠道病毒(EV)、人肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CVA16)、CVA4、CVA6和CVA10进行检测，对CVA4阳性样本采用RT–PCR方法扩增其VP1区全长序列，并进行核苷酸序列测定和系统进化分析。
结果在2起疫情中共鉴定出6株CVA4病毒，均为GⅠb基因亚型。其中的2014年深圳CVA4病毒株与2012年深圳CVA4病毒株核苷酸的同源性仅为94.1%(变异率达5.9%)；氨基酸的同源性为98.3%，共发现5个氨基酸突变aa22N–S、aa34T–A、aa63N–S、aa165A–D、aa200T–A。进化分析表明，2012年深圳CVA4病毒株与山东省KF150144株进化关系最近；而2014年深圳CVA4病毒株与吉林省JQ715709株的进化关系最近。
结论2014年深圳CVA4病毒株和2012年病毒株的VP1区存在较大的核苷酸变异，基因内部走势明显不同。