目的阐明引起山东省2007年手足口病(Hand-Foot-Mouth Disease,HFMD)流行的肠道病毒71型(Entero-virus71,EV71)基因特征。方法对从山东省2007年HFMD患者分离到的EV71,采用逆转录-聚合酶链反应(Re-verse Transcription Polymerase Chain Reaction,RT-PCR),进行VP1编码区基因扩增,并对扩增产物进行序列测定和分析。结果从山东省2007年HFMD患者标本中共分离到50株EV71。根据VP1部分基因核苷酸序列与EV71其它基因型和亚型参考株建立亲缘性关系树,50株病毒与C4亚型代表株聚为一簇。对其中的17个代表株进行VP1编码基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建亲缘性关系树,17个代表株与C4亚型仍然聚为一簇,与C4亚型代表株的核苷酸序列同源性为92.3%～93.8%。结论引起山东省2007年HFMD的EV71均为C4亚型,但与中国大陆以往分离的C4亚型毒株有较大差异,提示C4亚型毒株在中国大陆传播了较长时间,有多个不同分支的C4亚型毒株曾在中国大陆流行。应加强对引起HFMD的EV71作分子流行病学监测,阐明现阶段流行的EV71基因型别和基因特征。