【摘 要】
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[目的]在大蒜(Allium sativum)全基因组中鉴定WOX基因家族,并进行密码子使用偏性分析,为进一步研究大蒜WOX基因家族的功能提供重要依据.[方法]利用生物信息学方法,鉴定分析大蒜WOX基因家族及其密码子使用偏性.基于GEO测序(RNA-seq)数据,分析大蒜WOX基因家族在大蒜鳞茎不同发育时期及其他组织中的表达模式.[结果]从大蒜基因组中鉴定到16个大蒜WOX基因家族.系谱进化分析发现:大蒜WOX基因家族被划分为3个进化支,分别属于远古支、中间支和WUS支.保守结构域分析发现:它们均含有68
【机 构】
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大理州农业科学推广研究院经济作物研究所,云南大理 671000;云南农业职业技术学院,昆明 650031
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[目的]在大蒜(Allium sativum)全基因组中鉴定WOX基因家族,并进行密码子使用偏性分析,为进一步研究大蒜WOX基因家族的功能提供重要依据.[方法]利用生物信息学方法,鉴定分析大蒜WOX基因家族及其密码子使用偏性.基于GEO测序(RNA-seq)数据,分析大蒜WOX基因家族在大蒜鳞茎不同发育时期及其他组织中的表达模式.[结果]从大蒜基因组中鉴定到16个大蒜WOX基因家族.系谱进化分析发现:大蒜WOX基因家族被划分为3个进化支,分别属于远古支、中间支和WUS支.保守结构域分析发现:它们均含有68个氨基酸组成的保守结构域.密码子使用偏性分析发现:该基因家族密码子使用偏性较弱并受GC3s的影响,同时,该基因家族存在27个高频密码子和14个最优密码子,且大多数偏向于A/U结尾.基于RSCU值和CDS序列聚类发现:基于CDS序列聚类能更加准确表达该基因家族之间的进化关系.ENC-Plot和PR2-plot分析发现:该基因家族密码子使用偏性主要受选择压力的影响.最佳外源表达系统发现:拟南芥更适合用于该基因家族的外源表达系统.表达谱分析发现:该基因家族在鳞茎发育不同时期、叶片、假茎和根中存在差异表达.[结论]本研究为进一步弄清大蒜WOX基因家族在大蒜生长发育过程中的作用提供了科学依据.
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