在推进检察改革的新形势下，《吉林省人民检察院机关机构改革方案》明确了机关党委与新整合成立的各“大部”在行政建制上具有同等地位，确立了机关党委在“九部一委”中“一委”之地。全院共设立10个党总支（独立支部）、25个党支部、55个党小组，初步形成了机关党委、党总支（独立支部）、党支部、党小组四级组织架构格局。
　　因地制宜规划党的组织设置
　　全院大部制“九部一委”是在整合过去30多个处室基础上组建的，业务部门和保障部门各占一半。整合反贪、渎职、预防3个局成立职务犯罪检察部；整合公诉一、二、三处和侦监一、二处成立刑事检察部；整合民事一、二处成立民事检察部；整合行政检察处（增加干警职数）成立行政检察部；整合控申处和监所处成立控告申诉和刑事执行检察部；整合检办、案管办、技术处、信息处、司法警察总队、人民监督员办成立检务管理部；整合计划财务装备处、行政处、机关服务中心成立检务保障部；整合督察处和纪检组成立检察监察部；保留政治部和机关党委。党的组织设置从实际出发区分不同情况。一是区分“九部一委”与原有处室的不同。“九部一委”从层级上看，在全院机关仍属于中层，但从主要负责人配备上看是高配一级，由院领导班子成员兼任部长、主任。从人数上看，远远多于过去。职务犯罪检察部是反贪局、反渎局、预防局三局合一，干警人数达73人，刑事检察部是过去公诉一处、二处、三处和侦查监督一、二处五处合一，人数达71人。共有7个部门的党员数达到30多名以上。考虑到这些情况，我们提出各部委有30名党员以上的成立党总支的建议，改变了过去只有反贪局成立党总支的状况，整个党的组织设置上调一级。经过规划，7个部门设立党总支，3个部门设立独立党支部，与党总支同等对待。二是区分业务部门和保障部门的不同。检察改革的最大特点是以办案责任制为核心，突出办案检察官的主体地位。因此，业务部门破除了过去以处室为建制的行政体制，代之而行的是主任检察官办公室（办案组）。较过去而言，实际上多了一个层级，但办案责任和办案独立性得到强化。保障部门在按照职能重新整合、职责重新确定后，基本保留了处室层级，形成了二级处室，个别部门因实际工作需要，在处室以下还建立了科室。因此，我们提出业务部门办案组建立党小组，若干办案组联合成立党支部的建议，同时保障部门以处室为单位设立党支部，党支部以下以科室为单位或以职能划分、人数多少设立党小组，确保党的组织全覆盖。三是区分党支部和党小组的不同。与过去全院机关党的组织设置相比，改革后多了党小组的设置，强化了各部门党小组的重要性。特别是在业务部门形成“两实一虚、抓两头带中间”的格局，抓实党总支，党小组倒推党支部运转。
　　按照组织程序选举设置党组织
　　机关党委专门下发《关于省院内设机构改革后机关党组织建设的意见》，就组织设置原则、各级党组织设置规范、党组织书记、委员、党小组组长的配备、设置和选举程序等提出了要求。一是把握党建干部选拔配备环节。在对党的组织设置规划时，与各部门主要领导和党组领导进行协商，提前确定各部委党总支（支部）书记人选，提前介入组织建设工作。根据《吉林省人民检察院机关机构改革方案》的规定，5个业务部门都配备了监察专员，明确负责纪律作风和党务工作，是党总支书记的当然人选。明确要求业务部门按照改革方案配备好党总支书记；为了便于开展党建工作，对联合党支部书记人选，提出了以分管副部长为主的指导意见；对党小组组长的配备，提出了以主任检察官为主的要求。二是把握组织设置选举程序。在开展党组织设置工作中，严格按照《中国共产党党和国家机关基层组织工作条例》规定的程序进行。首先，请各部委提出党的组织设置规划报机关党委批准。其次各部委经过协商，提出党组织书记、委员人选，进行党内酝酿。再其次，各部门召开党员大会选举产生党总支（支部）委员、书记。最后，各部委将选举结果报机关党委批准。