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细菌性疾病是水产养殖业最为常见且危害严重的一类疾病，病原菌的鉴定一直是人们关注的焦点。随着微生物核糖体RNA（rRNA）数据库的不断完善，rRNA分析作为细菌分类的依据得到广泛认同，成为病原茵分类鉴定的常用工具。就rRNA基因的特征、研究方法及在水产养殖病原茵检测中的应用作一概述，对应用中存在的问题进行分析。