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目的 分析中国首次分离的基因Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒(JEV)全基因组的基因组特征.方法 设计JEV全基因组扩增引物,RT-PCR扩增片断,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因组序列.采用生物学软件进行同源性和系统进化分析.结果 1977和1982年分离自云南蚊虫的M28和BN82215病毒株基因组全长分别为10 969 bp和10 970 bp,5′非编码区均含有96个核苷酸,3′非编码区含有573和574个核苷酸.它们的开放阅读框(ORF)都从97到10 396位,共10 299个核苷酸,编码3 433个氨基酸.M28和BN82215株与来自GenBank的5个基因型JEV株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为78.4%～96.3%和91.4%～99.6%,与近几年国内外基因Ⅰ型流行株的同源性最高,进化关系最接近,都属于基因Ⅰ型.这两株病毒与JEV疫苗株SA14-14-2相比,有56个氨基酸差异,其中E基因有11个氨基酸差异,但都不属抗原关键位点.结论 本研究阐明了中国首次分离的基因Ⅰ型JEV的全基因组分子特征,决定病毒抗原和毒力的E蛋白关键位点无明显变化.证实20世纪70和80年代云南省就有基因Ⅰ型JEV流行.