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CMV病毒和细胞凋亡的关系相当复杂，有时表现为诱导凋亡作用，有时表现为抗凋亡作用。从病毒的角度看，病毒诱导小胶质细胞、巨噬细胞、造血干细胞、中性粒细胞及淋巴细胞等发生凋亡，可干扰机体抗病毒免疫反应，使病毒不至于被机体免疫系统清除，对于病毒感染的有些宿主细胞，病毒则利用自身抗凋亡作用以利于在感染细胞内完成病毒的复制和生活周期。从宿主的角度出发，机体会调动全身和局部抗病毒免疫反应、宿主细胞会启动凋亡机制来清除病毒。