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为实现孤立微网中经济性和污染物排放的整体优化，提出了一种基于滤波的孤立微网多目标规划设计方法。首先，针对当前多目标优化方法中目标权重选取需要主观先验知识，以及结果的选择性和指导性难以兼顾的问题，采用改进非支配排序遗传算法求解孤立微网的多目标优化模型，不需要主观先验知识就可得到多个可选方案，再通过方差最大化决策得到唯一的推荐方案。其次，优化过程中基于滤波调度策略来实现微型燃气轮机和储能优势互补，改善了微型燃气轮机的运行状况。算例结果验证了该方法的有效性。