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安徽琅琊山种子植物区系组成丰富,有种子植物132 科、522 属、925 种,其中裸子植物8 科、21 属、39种,被子植物124科、501属、886种。分析表明,琅琊山种子植物地理成分复杂,过渡性明显。区内132 科的地理成分可划分为15种分布型,522 属的地理成分可划分为15 种分布型、14 个变型,区系表现为温带性质。聚类分析结果显示,该区植物区系与安徽清凉峰、马鬃岭、福建龙栖山、浙江古田山关系密切,与安徽皇藏峪和山东沂山有一定差异。