目的:阐述"分子中药学"内涵与现代中医药发展的必要性及其意义。方法:笔者在总结多年中医药理论学习与中药学科研实践经验的基础上,集大量业内人士中医药学最新研究成果和经验,采用对比分析和总结及提炼的方法,愚述己见并与广大学者共勉。结果:一是传统中医药面临危机。近百年来传统中医药学发展缓慢,导致国内个别学者误称中华民族国粹之一的中医药学是"伪科学",甚者有"取缔中医药"的言论。二是中医药是21世纪全球普遍关注且最具发展潜力的自然学科。"八纲辨证"和"辨证论治"是传统中医药理论的精髓,中药的临床治病多样性和多靶性揭示中药的多成分即多分子效应机制。由此认为中药是由诸多具有特定骨架(即结构)和药理活性的分子组成。研究和分析中药的分子组成、结构、理化性质、药理活性及其机制和规律是分子中药学的科学内涵。三是分子中药学是现代中医药理论的基础。现代中医药理论的关键是中医治病原理的现代化。现代中医临床证治实践的知情权是医患双方共同关心的核心问题。揭示中药疗疾的物质基础是中医药理论研究的重大课题。要解决这些问题都将从研究分子中药学入手。结论:分子中药学是现代中医药发展的必然,分子中药、方证组方和物效基础等研究将成为未来中医药理论体系的主要内容,分子中药新药极有可能是将来中药市场的主流产品。