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医巫闾山约有野生种子植物718种,隶属于94科362属之中.依据它们的现代分布,这些种被归纳成23个分布区类型和20个亚型.研究表明,医巫闾山植物区系属于温带性质,但在其发生发展过程中曾经历过与热带相联系的历史渊源.本区系地理联系广泛,尤以与东亚地区特别是与日本的联系较为密切,其次则是与北温带的联系,并且这些成分构成本区系种类组成的主体.