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对湖南省金童山国家自然保护区蓝果树(Nyssa sinesis)自然种群的DNA进行提取,并对其ISSR-PCR扩增反应体系进行了优化.对影响PCR扩增反应的因素如Mg2+浓度、4×dNTP浓度、模板DNA用量、牛血清白蛋白浓度、引物用量、Taq DNA聚合酶用量进行了优化,确定了适合蓝果树ISSR-PCR的反应体系:10μl PCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(10mmol·L-1 Tris-HCl,pH值9.0,50mmol·L-1 KCl,0.1％TritonX-100),1.75mmol·L-1 Mg2+,0.075mmol·L-14×dNTP,15ng摸板DNA,2mg·mL-1牛血清白蛋白,3pmol引物,1.25U Taq DNA聚合酶.用此反应体系对湖南省金童山国家自然保护区蓝果树自然种群进行了遗传多样性分析,结果显示其多态位点百分率为36.19％,Nei指数为0.1600,Shannon信息指数为0.2286,表明蓝果树种群遗传多样性较低.