【摘 要】
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cDNA芯片是一项新兴的能评估检测全范围mRNA表达水平变化的技术.通过同种组织RNA自身比较实验及不同组织RNA的差异分析实验对cDNA芯片实验的重复性进行检验,利用相关系数(cor
【机 构】
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复旦大学生命科学院遗传所遗传工程国家重点实验室,上海,200433联合基因科技(集团)有限公司,上海,200092;
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cDNA芯片是一项新兴的能评估检测全范围mRNA表达水平变化的技术.通过同种组织RNA自身比较实验及不同组织RNA的差异分析实验对cDNA芯片实验的重复性进行检验,利用相关系数(correlation coefficient,R)、变异系数(coefficient of variation,CV)和假阳性率(false positive rate,FPR)分析cDNA芯片数据的可靠程度,对cDNA芯片实验数据作了整体的评估.结果证实,该芯片系统得到的cDNA表达谱数据相关系数一般大于0.9,平均变异系数15%左右,假阳性率控制在3%以内.还提出一致率(consistence rate,CR)的概念,作为衡量cDNA芯片系统重复性的新参数,同时阐述了该参数优于目前常用的相关系数及变异系数的特点.另外,通过比较芯片制备中点样浓度、mRNA和总RNA以及不同批次芯片和不同标记过程对实验的影响,来分析芯片数据的系统误差来源.并提出重复两次实验,可以克服绝大部分实验系统引入的假阳性.
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