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财政科研经费绩效审计作为一种现代审计方式，需要从经费资源的分配、使用，对其监管的经济性、效率性、效果性和公平性等方面进行绩效评价。鉴于财政科研经费绩效审计理论研究滞后于实践发展的现状，本文从财政科研经费的特点、绩效审计理论和现有的绩效审计案例出发，探讨了财政科研经费绩效审计的内涵与特点，并以此为基础，重点从经济性、效率性、效果性和公平性四个方面探讨了财政科研经费绩效审计评价指标体系。