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【目的】优化大旗瓣凤仙ISSR-PCR反应体系,为大旗瓣凤仙遗传多样性分析提供技术参考。【方法】利用正交试验设计对大旗瓣凤仙ISSR-PCR反应体系的5个因素（Mg2＋、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA）4水平进行优化分析,并在此基础上对PCR反应过程中的退火温度进行筛选。【结果】建立了大旗瓣凤仙ISSR-PCR的优化反应体系,即在25.0μL反应体系中含1×PCR Buffer、Mg2＋1.5 mmol/L、dNTP 0.25 mmol/L、引物0.8μmol/L、Taq DN