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实践教学是高等院校教育改革的重要环节，也是培养学生自主学习能力和创新能力的有效方式。生物信息学是自人类基因组计划以来新兴的一门交叉学科，具有学科交叉范围广、知识更新快速，实用实践性强等特点，是当今生命科学和自然科学研究的前沿之一。根据生物信息学课程实践性较强的特点，文章阐述了以国内外现有的生物信息资源网站为平台，在《生物信息学上机实践课》教学中采用“问题导向式学习（PBL）＋电子学（E-learning）”教学模式的理论基础、具体实施方法和改革效果。