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目的：研究泄泻肠道湿热证和寒湿困脾证在不同肠道生态位的菌群失调变化，为探索泄泻“同病异治”的治疗特色提供肠道菌群视角的客观依据。方法：从NCBI数据库获取泄泻肠道湿热证和寒湿困脾证模型小鼠，以及方证相应方剂干预后模型小鼠的16S rRNA基因高通量测序数据，比较各组小鼠的肠道优势菌组成、菌群功能差异；同时运用Spearman分别计算各组菌群间的相关性，构建肠道菌群共现网络以研究菌群相互作用。结果：泄泻肠道湿热证肠内容物菌群失调以Muribaculum、Aerococcus富集为特征，肠黏膜菌群失调则以革兰氏阴性菌Neisseria、Capnocytophaga、Prevotella富集为特征（P<0.05），而葛根芩连汤治疗后不同肠道生态位菌群以Lactobacillus富集为特征，肠黏膜还伴有Streptococcus丰度增加。泄泻寒湿困脾证肠内容物菌群失调以Lactobacillus（P<0.01）、Clostridium sensu stricto 1富集为特征，肠黏膜则以Candidatus Arthromitus、Enterobacter丰度增加为主（P<0.05），而藿香正气散治疗后肠内容物以Lactobacillus富集为特征，而肠黏膜菌群特征体现在Candidatus Arthromitus、Pseudomonas、Bacillus富集。整体上，肠黏膜优势菌的差异贡献率高于肠内容物，且肠黏膜优势菌与其他菌的相互作用要多于肠内容物优势菌。结论：不同中医证型泄泻的肠道菌群失调存在差异，方证相应调节菌群失调的疗效同样存在差别，且“同一病证”在不同肠道生态位的菌群失调也各具特征，提示肠道菌群可能是探索泄泻中医“同病异治”治疗特色的生物学基础之一。