利用宏基因组学鉴定藏猪腹泻粪便病毒种群

来源 :畜牧兽医学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：lu123127

【摘要】

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为进一步了解藏猪腹泻粪便中病毒种群,从青藏高原地区16个藏猪场采集腹泻粪便样本146份,将样本混合成一个pool样,提取RNA反转录成cDNA,建库后利用TruSeq Illumina测序,对测序

【作者】

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胡承哲周群李玉张敏汤承张斌

【机构】

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西南民族大学生命科学与技术学院,国家民族事务委员会青藏高原动物疫病防控创新团队

【出处】

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畜牧兽医学报

【发表日期】

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2019年12期

【关键词】

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藏猪腹泻粪便宏基因组学分子特征猪圆环病毒2型

【基金项目】

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国家自然科学基金(31772766);四川省教育厅创新团队项目(13TD0057);西南民族大学研究生创新型科研项目(CX2019SZ130)

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为进一步了解藏猪腹泻粪便中病毒种群,从青藏高原地区16个藏猪场采集腹泻粪便样本146份,将样本混合成一个pool样,提取RNA反转录成cDNA,建库后利用TruSeq Illumina测序,对测序的序列进行整理分析及相关病毒的分子特征进行研究。数据分析结果表明:藏猪腹泻粪便样本病毒种群包括11个病毒科的19种病毒,主要以线性和环状的小DNA病毒为主,如猪粪相关环状病毒7型、猪腺病毒和猪博卡病毒(PBoV)等;与腹泻相关的病原有猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)和牛病毒性腹泻病毒1型

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