目的:为了探究发酵蔬菜体系中真菌微生物的群落结构。方法:以市售9种发酵蔬菜为对象,提取其中所有微生物宏基因DNA,通过聚合酶链式反应结合变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,分离9种发酵蔬菜体系微生物混合真菌18S r DNA V(1-2)区基因片段,采用Quantity One软件分析真核微生物Shannon-Wiener多样性指数和9种发酵蔬菜真菌群落结构相似性聚类分析。通过回收DGGE电泳中荧光强度强、不同时间差异的电泳带,经克隆后测定碱基序列、与Gen Bank库序列对比鉴定。结果:泡菜、榨菜、酱菜和酸菜真核Shannon-Wiener指数差异显著,其中,泡菜真菌的多样性指数差异相对最小。四种工艺发酵蔬菜真核微生物相似性为20%,而酱菜与泡菜的相似性较与榨菜的高。同一工艺不同原料发酵蔬菜真核微生物相似性38%。同一工艺袋装与散装泡菜真核微生物相似性为51%。碱基序列鉴定结果:所有的测序条带均为酵母菌,Trichosporon mucoides sp.、Zyqosaccharomyces sp.存在于市售9种发酵蔬菜样品中,且为优势菌;Candida palmioleophila存在于泡菜、榨菜、酱菜工艺发酵蔬菜中;Dabaryomyces sp.为散装榨菜中所特有的真菌菌群。结论:实验结果表明泡菜工艺下制得的发酵蔬菜制品真菌区系相对于榨菜、酱菜和酸菜稳定;加工工艺对发酵蔬菜真核微生物群落的影响较原料、包装条件的影响显著;同一工艺条件下原料较包装的影响显著。