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生物序列分析是生物信息学的主要研究领域,常常通过比较分析获取有用的信息.最常用的比较方法是序列比对,但是利用比对的序列比较假设了同源片断之间是邻接保守的,这和遗传重组相冲突,而且多序列比对在计算复杂性等方面存在困难,这些使得人们努力研究无比对的序列比较方法.本文综述了目前无比对序列比较的两类主要方法:一类基于字(低聚物)的出现率及其分布,通过出现率向量定义的笛卡尔空间中的距离计算来实现序列比较;另一类使用柯尔莫哥洛夫复杂度理论或混沌理论来实现序列比较.