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应用型本科高校的科研管理,因高校管理重心向二级学院的下移,要求二级学院建立科学、规范的科研管理体制。由于发展时间不长,应用型本科高校二级学院科研管理存在一些不足:院校管理脱节、团队意识薄弱、教师观念转型引导不足、科研秘书培训不够、忽视科研创新与人才培养。建议从加强院校两级意识、建设应用型科研平台、转变教师观念、提高科研秘书业务水平、建立鼓励应用型科研的绩效评价体系五个方面提升管理水平。