基于芯片数据的慢性阻塞性肺疾病患者的生物信息学分析

来源 :国际呼吸杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:paradoxfxx
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的

通过对正常人和慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者肺组织的芯片数据进行生物信息学分析,探究参与调控COPD的Hub基因及其在COPD中的作用。

方法

从GEO数据库中下载mRNA表达谱数据集GSE106986,筛选出正常人和COPD患者这2组样本的肺组织之间的差异表达基因,并对其进行功能注释,根据蛋白质互作网络筛选出参与COPD调控的Hub基因。使用CIBERSORT数据库进行免疫细胞类群分析,进而探讨Hub基因在COPD中的作用。

结果

GSE106986及KEGG信号通路富集分析显示共有47个差异表达基因,其中有37个上调基因主要参与疟疾、氨基糖/核苷酸的糖代谢、果糖/甘露糖代谢和补体途径,而10个下调基因主要参与脂肪酸生物合成过程。基因本体论富集分析表明,差异表达基因主要参与对细菌的防御反应、细胞外基质和结构的形成及负性调节凝血等生物过程。蛋白质互作网络分析共筛选出Hub基因:FGG、FGA、IL-6、SERPINE1、SPP1。结合CIBERSORT数据库对2组样本进行免疫细胞类群分析发现,Hub基因SPP1可能主要通过作用于树突状细胞、单核细胞或巨噬细胞参与COPD的发生、发展。

结论

COPD患者肺组织中差异基因表达可能导致代谢及细胞生物功能异常,而SPP1基因则可能通过作用于上述免疫细胞参与COPD的发生、发展。

其他文献
随着疼痛研究的不断深入,更多与疼痛相关的基因被发现,这使得人们对疼痛与基因的关系有了更深刻的了解。近年来,人们发现基因多态性,尤其是单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)是导致个体疼痛差异的重要原因,而这些差异又与离子通道、神经递质、作用受体以及药物代谢酶等不同层面上的遗传基因密切相关。文章结合离子通道、神经递质基因、作用受体基因以及药物代谢酶基因
围手术期焦虑是一种紧张不安的情绪,发生较普遍,可能导致麻醉药物用量增加,术后疼痛及恶心呕吐等围手术期并发症发生率增加。经皮穴位电刺激(transcutaneous electrical acupoint
氨甲环酸(tranexamic acid, TXA)是一种抗纤溶药物,可通过阻止血栓溶解减少出血,降低输血率。目前多用于心脏、骨科、产科以及创伤手术中,但在神经外科手术中应用较少。文章阐述了目前TXA主要的临床应用方式、剂量及效果。此外,对成年人颅内肿瘤、椎管内肿瘤、颅脑创伤手术及小儿神经外科手术的出凝血特点和TXA的应用效果进行了综述。应用TXA存在增加血栓栓塞风险和癫痫发生的可能性,可能和剂量
水通道蛋白(aquaporin, AQP)是一类对水分子有高度特异性的转运膜蛋白,其对水分子的主动转运功能是维持细胞内外液体平衡的关键因素。在人体各个器官组织中,AQP的表达类型和程度
期刊
期刊
颈动脉狭窄是缺血性卒中的主要病因之一。颈动脉支架置入术逐渐成为颈动脉狭窄的主流治疗方法,支架内再狭窄是其最常见的晚期并发症,制约着颈动脉支架置入术的发展。文章对颈动
期刊
卒中是世界范围内的主要死亡原因之一,其中85%以上为急性缺血性卒中,再灌注治疗是其主要治疗方法。研究表明,中性粒细胞/淋巴细胞比值(neutrophil-to-lymphocyte ratio, NLR)与再灌注治疗的有效性、安全性和转归相关。文章对NLR在接受再灌注治疗的缺血性卒中患者中的预测作用进行了综述。
期刊