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虽然最近生产生物柴油处于火爆之势，但这类燃料本身存在的问题也不能视而不见。例如行车里程数较少、在较低温度下性能较差以及对发动机部件的负面影响。另外。制取生物柴油的生产过程即脂肪酸的甲酯化过程。脂肪酸来自植物油（如棕榈油和大豆油）相对比较昂贵。同时产生大量生物柴油副产物甘油。日本石油公司与丰田汽车公司合作开发的工艺可解决这些问题。该工艺使用植物油可直接提高常规石油基柴油燃料的产率。