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[目的]比较2种方法进行桫椤atpB-rbcL序列测定的测序效果。[方法]通过PCR产物直接测序和克隆测序对桫椤叶绿体atpB-rbcL基因间隔序列进行测定与分析。[结果]结果表明,桫椤atpB-rbcL序列直接测序所得峰形紊乱,PolyT后出现多重峰;克隆测序结果峰形清晰,无干扰。[结论]对于桫椤atpB-rbcL序列测定,克隆测序优于直接测序。