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养猪业污染是湖区水质恶化的主要原因之一。其排放的废水具有机物浓度高、悬浮物多、氨氮和磷含量高，含有多种抗生素和大量重金属等特点。为保护湖区水环境，需实施畜禽清洁清洁生产机制，加强特殊污染物的控制，提高综合治理效率。要加强平台建设，形成由政府相关部门进行政策引导、公共财政加大投资和补贴力度、高等院校和科研院所提供科技和人才支撑、养殖企业积极参与的良好局面。