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高色素基因hp1和hp2能显著提高番茄果实的类胡萝卜素总量，对于以提高番茄红素含量为目标的品质育种具有重要应用价值。以这2个基因的突变位点为目标，成功地筛选出了对hp1和hp2分别具有高度特异性的2对引物。由于这样的分子标记实际上就是功能基因本身局部片断的扩增结果，所以能非常可靠地直接鉴别该功能基因，F2群体中分子标记的分离比例与2对基因的独立分配比例完全一致。以这两对引物所产生的分子标记为依据，已经合成了含有hp1和Kp2的双突变体。