【摘 要】
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目的 筛选与儿童哮喘发病相关的关键微小核糖核酸(miRNA)、信使核糖核酸(mRNA).方法 从高通量基因表达数据库(GEO)数据库获取哮喘儿童miRNA芯片数据集GSE25230,利用GEO2R筛选出差异表达miR?NA;对差异表达miRNA进行转录因子预测、下游靶基因预测;利用GEO数据库获取哮喘儿童mRNA芯片数据集GSE63142,同时使用GEO2R筛选出差异表达mRNA,并对差异表达mRNA进行KEGG、GO功能富集分析;将差异表达miRNA预测靶基因与差异表达mRNA取交集获得目标基因,最后构
【机 构】
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广西中医药大学研究生院,广西南宁530001;广西中医药大学第一附属医院儿科
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目的 筛选与儿童哮喘发病相关的关键微小核糖核酸(miRNA)、信使核糖核酸(mRNA).方法 从高通量基因表达数据库(GEO)数据库获取哮喘儿童miRNA芯片数据集GSE25230,利用GEO2R筛选出差异表达miR?NA;对差异表达miRNA进行转录因子预测、下游靶基因预测;利用GEO数据库获取哮喘儿童mRNA芯片数据集GSE63142,同时使用GEO2R筛选出差异表达mRNA,并对差异表达mRNA进行KEGG、GO功能富集分析;将差异表达miRNA预测靶基因与差异表达mRNA取交集获得目标基因,最后构建哮喘儿童发病潜在miRNA-mRNA调控网络,进一步筛选出关键miRNA、mRNA.结果 共筛选出34个上调miRNA与35个下调miRNA,其转录因子主要有EGR1、SP1、SP4、RREB1、TFAP4.共筛选出68个上调差异表达mRNA与48个下调差异表达mRNA,KEGG富集结果显示差异表达mRNA主要涉及白介素17信号通路、神经活性配体—受体相互作用、趋化因子信号通路、肾素—血管紧张素系统等;GO功能富集分析显示,差异表达mRNA功能主要富集在细胞外基质、丝裂原激活蛋白激酶、细胞外间隙以及胞外区等生物学过程中.哮喘儿童发病潜在miRNA-mRNA网络Degree值排名前3的关键miRNA分别为hsa-miR-30c-5p、hsa-miR-181a-5p、hsa-miR-335-5p,关键mRNA分别为CXCL2、KIT、MUC5B.结论 筛选出与儿童哮喘发病相关的关键miRNA分别是hsa-miR-30c-5p、hsa-miR-181a-5p、hsa-miR-335-5p,关键mRNA分别是CX?CL2、KIT、MUC5B.
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