舆论中的“论文博士”和清华所称的“论文博士”不同。前者通常被认为是博士教育的变异——不上课、提交一篇质量不高的论文，就混到一张博士学位文凭；后者则是一种博士培养方式，这种方式在国外并不鲜见，博士学位申请者并不需要通过入学考试、像全日制学生一样上课，只需要提交博士论文，通过严格的博士论文答辩，可获得博士学位。
　　“论文博士”在国外得到肯定，主要是大学坚持教育标准和学术标准，严把博士学位授予关，同时，博士学位由学校自主授予，其质量由社会评价和专业评价确定。
　　治理“论文博士”，并不能简单取消了之，而应针对导致其发生变异的病因入手。在终身教育时代，“论文博士”其实是鼓励终身学习的一种方式，也为受教育者提供多元的教育选择，其本身并无错误，反而是教育的进步。
　　但实行这种教育方式，必须同步推进高等教育管理制度改革和现代大学制度建设。未来应当通过高等教育管理制度改革，建立起大学“自授学位”的新体系，这样大学将为自己授予的学位质量负责，而不是躲在“国家承认”的招牌下做文凭生意；而通过现代大学制度建设，大学将实行学术本位管理，博士招生、培养和学位授予，就可避免权势交易，而坚持学术标准。
　　所以，理性地治理“论文博士”，就应该从教育方式的多元，以及确保多元的教育方式不被权势利用的角度，构思教育管理制度和学校教育制度。这不仅是治理“论文博士”的根本之策，也是提高我国博士教育质量的必然选择。