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考虑到哈特莱变换对于实信号频谱分析的高效性，在分析哈特莱变换与傅里叶变换相互关系的基础上，给出了离散哈特莱变换（FHT）基2算法的推导，并将其计算量与FFT算法进行了比较，最后应用高效的离散哈特莱变换（FHT）基2算法对快速跳频信号进行了STFT时频分析。仿真结果表明该方法能够有效地分析随时间快速跳变的跳频信号。通过比较可以看出该算法运算量较小，可有效节约运算时间，适合于快速跳频信号的实时分析和跟踪干扰。