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云南温泉数量多，分布广，可划分为低温温泉、温泉、热泉和沸泉４种类型。生活在这些温泉中的蓝藻不仅群落类型不同，而且蓝藻区系与西藏、四川、印度等热带和亚热带地区具有一定的相似性。本文报道云南温泉蓝藻８９种，分录于３纲４目７科２１属。根据不同温泉类型的生态环境，初步分析了温泉蓝藻的群落结构、区系组成、分布特点，并对生物物种多样性和环境因素的关系进行了讨论。