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根据分子中原子的结构特征和键的连接性，提出了新的结构信息指数和取代基染色指数计算方法，并利用所计算的指数，运用逐步回归分析方法和最佳变量子集算法对变量进行压缩，进行了20个氯代苯酚与水生动物发光菌毒性相关性分析；分析表明，氯代苯酚化合物对水生动物发光菌的毒性作用与其分子的体积、取代基的位置和多少有关，苯环上的氯原子越多对水生动物发光菌的毒性也就越大；新方法计算结果与前人其他方法计算结果和实验数据相比，偏差非常小，说明新方法计算结果可靠。