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序列比对是生物信息学中一种基本的信息处理方法,在序列比对所使用的算法中当前重点解决的问题是如何降低算法的时间和空间复杂度.在介绍基本动态规划原理的基础上,提出了一种基于动态规划思想的优化序列比对算法.对3种算法对比实验表明,该算法在保证其生物敏感性的基础上,有效地降低了时间和空间复杂度.