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以萱草属的9个野生种和1个变种为材料，应用ISSR-PCR分子标记技术，对野生种间的亲缘关系和多态性进行了研究。从123条ISSR通用引物中筛选出了10条扩增产物清晰且多态性高的引物，对实验样本进行扩增，共产生了218条条带，多态率为100％，野生种间遗传多态性丰富。采用TFPGA数据分析软件，计算出Nei＇s相似系数和遗传距离，构建亲缘关系树状聚类图。野生种之间的遗传距离为0．0187～0．4941，种间遗传差异明显。其中，北黄花菜与黄花菜的遗传距离最小，矮萱草与黄花萱草之间的遗传距离最大。亲缘关系聚类