【摘 要】
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本研究从5种冰草叶绿体基因组中各筛选出52条蛋白编码序列,利用CodonW,SPSS,EXCEL等软件对其进行密码子偏好性使用模式分析。结果显示:在RSCU分析结果中,共有31个高频密码子,有28个是以A/U结尾,密码子偏好性在冰草叶绿体基因组中的表现较弱。中性分析结果,自然选择在冰草叶绿体基因组密码子偏好性发挥作用;在有效密码子数的结果中,偏好性多受突变影响;PR2-plot分析结果,大部分基因
【基金项目】
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内蒙古自治区关键技术攻关计划(2019GG352; 2020GG0176); “科技兴蒙”重点专项项目“种质创新新品种选育”; 内蒙古农业大学科技成果转化专项资金项目(YZGC2017014)共同资助;
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本研究从5种冰草叶绿体基因组中各筛选出52条蛋白编码序列,利用CodonW,SPSS,EXCEL等软件对其进行密码子偏好性使用模式分析。结果显示:在RSCU分析结果中,共有31个高频密码子,有28个是以A/U结尾,密码子偏好性在冰草叶绿体基因组中的表现较弱。中性分析结果,自然选择在冰草叶绿体基因组密码子偏好性发挥作用;在有效密码子数的结果中,偏好性多受突变影响;PR2-plot分析结果,大部分基因由选择调控。此外筛选出8个高频高表达的最优密码子,分别为CGA、UUG、UCA、GAU、UUU、UCC、GGA、ACA。冰草叶绿体基因组密码子偏好性种间差异不显著,且根据中性分析、ENC-plot、PR2-plot分析密码子偏好性可能受多种因素共同作用。最优密码子的选择,为冰草叶绿体基因组工程中外源性基因表达效率的提高奠定基础。
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