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国家主体功能区规划除了要实行差异化绩效管理外，还需要以战略协同的视角进行整体绩效管理。整体绩效管理与局部的、单一的、非均衡的绩效管理模式相对应，它是制定绩效计划、推进绩效协同、实施绩效评价、诊断和应用绩效结果的完整过程。本文根据整体绩效的内涵要求，从主体功能区绩效和政府绩效耦合的角度设计了主体功能区整体绩效管理的评价矩阵，并从挖掘主体功能区绩效管理过程中的失效诱因以及提出国家主体功能区绩效改进的政策建议两个方面讨论了绩效评价结果的运用。