判据搜索算法及其在DNA序列模式发现中的应用

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模式发现是计算生物学一个重要的研究方向,但目前的大部分算法还不能保证获得最优的模式。将模式发现问题转化成层次图的路径搜索问题,推导了针对三个序列片段相似性关系的判据,以其作为剪枝规则提出并实现了一种深度优先的穷举搜索算法:判据搜索算法(Criterion Search Algorithm,CRISA),理论分析表明,对于绝大多数模式发现问题,CRISA具有多项式的计算时间复杂度和线性的空间复杂度。对仿真的和实际的DNA序列数据的测试表明,CRISA能够快速而完全地识别出序列中所有的模式,并且获得了优于其它
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