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6-羟甲基-7,8-二氢喋呤磷酸化酶(HPPK)催化细菌进行叶酸合成反应中的第一步,即焦磷酰从三磷酸酰酐(ATP)转移到6-羟甲基-7,8-二氢喋呤(HP),被认为是基于结构虚拟筛选新型抗生素的理想靶标.本工作分别以HPPK和含有金属离子Mg2+的HPPK为受体,以底物类似物为配体进行了对接,发现活性口袋大小、金属镁离子对对接结果有较大的影响.特别是金属镁离子的加入不仅可大大提高对接结果的可信度,同时可增加虚拟筛选的命中率.这一结果将为设计新的HPPK抑制剂提供一定的理论指导.