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‘‘药效物质基础研究”比“有效成分研究”深入和复杂，有必要就其复杂性做专门探究。一是“药效”的复杂性与定位。应以“证’’论效不是以“病’’论效；要以“人”验效不能以“鼠”验效；要统揽“近期疗效”与“远期疗效”。二是“药效载体”的复杂性与定位。方剂的整体功效以方剂的秩序和结构为载体；中药的药效载体具有层次性；中药在煎煮和代谢过程中有变化和产物。三是“药效载体”与“药效”之间的非特异关系。包括有效与无效的非特异性；双向或多向作用的非特异性；相互作用产生的非特异性；机体对药效的转化是更深的非特异性。