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随着卫星导航设备应用领域的不断扩大，其对于抗干扰的需求逐步引起了关注。在50％重叠FFT的频域干扰消除算法基础上，针对输入实信号以及级联抗干扰需要多路并行处理的特点，利用FFT的共轭对称性，对干扰消除算法进行了优化设计。并在Modelsim程序平台中进行了时序仿真，仿真结果证明该优化设计可靠且有效。改进后的干扰消除算法大幅度削减了资源消耗。