我国排污许可制度自上世纪八十年代实施以来,由于立法滞后、定位不准、监管碎片化等原因导致其实施效果不理想。当前,中国环境管理向着系统化、综合化转型,综合排污许可制度的改革就此展开。综合排污许可制度需要建立在相应的管理体制之上,我国正在进行的环境管理体制改革为该制度的运行奠定了一定的基础。通过考察综合排污许可制度的顶层设计及实施现状,发现该制度的实施又面临新的体制难题,主要是许可证的核发与监管与环境管理体制改革有一定的脱节。这些难题反映出改革方案与法律的不衔接,也体现了国家污染防治立法之间的不协调。在排污许可管理立法与机构改革过程中需要进一步完善排污许可管理权限的配置,为排污许可制度实施提供更好的体制保障。从长远来看,应该顺应综合环境管理的需要对污染防治立法进行整合,清除综合排污许可管理的法律障碍。