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乙酰胆碱酯酶晶体结构研究表明，AChE存在一个深而窄的谷，谷底部有一个活性位点，它是由催化三联体和所谓的阴离子亚位点组成，阴离子亚位点识别底物的四价铵基团，由Glu327,His440和Ser200构成的催化三联体负责底物乙酰胆碱的水解，在谷的入口处，有一个调节位点被称为外周阴离子位点，残基Trp84和Trp279分别在催化和外周的阴离子位点起关键作用，朝着谷底部方向存在一个强的静电偶极子，该偶极子对阳离子产物胆碱的清除是非常不利的，并与酶的高催化效率形成明显对照，位于催化口袋底部的后门开放为产物释放提供